Llevo reflexionando un tiempo sobre ello.
La libertad de pensamiento es un derecho negativo: el Estado no puede prohibirte pensar lo que piensas. Pero es una libertad formal, vacía si no tienes las herramientas para ejercerla.
El derecho a pensar críticamente sería un derecho positivo: implica que la sociedad tiene la obligación de dotarte de las capacidades necesarias para ejercer tu razón de forma autónoma. No basta con que nadie te prohíba pensar; necesitas haber sido formado para hacerlo.
La diferencia es enorme. Puedes tener libertad formal de pensamiento y ser completamente incapaz de ejercerla si nadie te ha enseñado a distinguir un argumento de una falacia, una evidencia de una manipulación, un razonamiento de un slogan.